Dumbledore muss den apparierschutz garnicht aufheben um mit dem Besen zum Turm zu kommen, das bezieht sich nur auf zusätzlich Maßnahmen, aufgrudn von Toms wiederkehr. Die Appariersperre gibt es aber unabhänig davon (wie sich aus der Angabe in Geschichte von Hogwarts ergibt). Anonsten hätte Rowling ja auch Malfoys weg Todesser in die Burg zu lotsen nicht zu kompliziert konstruieren müssen und Dumbledore wäre nicht gespannt darauf gewesen, wie er es geschafft hat.
Dass es normalerweise möglich ist mit einem Besen auf das gelände zu fliegen, jedoch nicht darauf zu apparieren, steht jedenfalls fest.
Und die Barriere (protego totalum etc.) hatte auch ncihts mit den "normalen" Bannen zu tun, die sonst auf Hogwarts liegen.